等到天色渐渐昏暗，越来越多的西洋联合舰队的舰船被击沉后，这些残余的西洋联合舰队的舰船不得不都打起了白旗，祈求投降。
对于这些西洋诸番而言，他们并不愿意去做什么血战到底，他们更在乎的是利益，而现在事实告诉他们，他们没办法从大明这里等到任何好处，因而他们也就没觉得有必要再打下去，因为一旦继续打下去，他们的舰队将会彻底消失，而他们将失去一切的海洋利益，包括他们已经获得的。
毕竟他们还是需要留有精锐的军队去维持他们的殖民区的统治秩序。
而这时候，黑娃见这些西洋联合舰队的舰船都打起了白旗，便也只得暂时停止攻击派人来找朱由校请示。
事实上，在黑娃的人来报之前，朱由校就已经通过望远镜的观察猜到这些西洋联合舰队会在实力未完全受损之前投降，以达到还能有足够的力量去控制自己现有的海洋殖民利益。
“斩草务必除根，不可学霸王项羽，无论这些西洋诸番如何求饶，必须全部予以歼灭，这些都是西洋诸番的精华所在，只有把他们全部歼灭于此，才能彻底结束西洋诸番称霸海洋世界的历史！更何况，这些蛮夷之辈竟敢攻击朕的御舰，简直就是欺朕之大罪，岂能姑息！”
朱由校这么说后，大明的三支舰队便继续攻击着这些西洋联合舰队，而奥昆多等人却很也因此不由得大骂大明不讲究人道精神，自己已经投降了还要对自己的舰队进行攻击。
但无论怎样，现在的奥昆多必须承认自己不得不面对被覆灭的命运，眼见着自己所率领的联合舰队已经没有了几艘幸存的战舰，他不由得拔出了指挥刀，想直接抹了脖子，但到底却没有自杀的勇气，因为在他经历的战役中还没有残酷到非得你死我活的地步，在他的意识里，要是打不过直接投降就是。
而他没想到在大明打战就只有生与死，于是还是不愿意就此结束自己生命的奥昆多还是没有抹掉自己的脖子，而是颓然地坐在了地上。
所谓的荷兰名将特罗普倒是直接命令自己的旗舰撞向了面前的大明“于谦”号，然而去惨遭两侧的大明两艘舰队的轰击，顷刻间，这特罗普的旗舰就被炸成两截，而特罗普自己也是四肢分离。
最终，没有一艘西洋联合舰队的舰船幸存，仅余三十名西洋番包括奥昆多在内因为船未完全沉入海底而被大明海军俘虏，且直接被押到了朱由校的跟前。
朱由校也没心思与这什么佛郎机的传奇人物废话，直接命人将奥昆多等三十名西洋番直接斩首，其头颅用石灰处理后直接挂在澳门港口的灯塔上，以此告诉西洋诸国，胆敢再侵入大明内海，其下场就只有一条，那就是被斩首而死。
这一场爪哇岛海战结束也算是彻底让西洋诸国意识到了大明是一个不能招惹的强大帝国，而马六甲海峡以东的区域是他们不能染指的区域，同时也使得西洋诸番的海洋势力大为锐减，并标志着大明即将成为新的海洋霸主，而历史上继佛郎机后成为海洋霸主的荷兰则失去了大国崛起的机会。